El Centro de Investigaciones Nucleares (CIN) nació en 1966 en el marco de un Convenio entre la Universidad de la República y la Comisión Nacional de Energía Atómica (que también había sido fundada por la UdelaR).
Fue uno de los frutos del espíritu transformador del Ing. Oscar J. Maggiolo (1920-1980), Rector entre 1966 y 1972, quien aspiraba a crear Institutos Centrales multidisciplinarios en nuestra Universidad, que permitieran una interacción eficiente y fluída de diversas profesiones universitarias, y a su vez una gran interacción con el sector productivo y tecnológico nacional: grandes agrupamientos alrededor de grandes temáticas; en este caso, la tecnología nuclear y sus aplicaciones.
Al crear la Facultad de Ciencias en 1990, el CDC de la Udelar decidió la incorporación del CIN a la nueva facultad como instituto de la misma.
El CIN es en el Uruguay la única infraestructura nuclear concebida, construida y equipada y con personal calificado para el trabajo con radiaciones y material radiactivo.
Participa activamente en los temas relacionados con los desechos radiactivos, y con la protección del público y el medio ambiente de potenciales accidentes con fuentes radiactivas.
Es el único lugar del país que esta bajo el Régimen de Salvaguardias del Organismo Internacional de Energía Atómica debido a su involucramiento en estos temas.
La misión del CIN es realizar investigación básica y aplicada; docencia a nivel de cursos curriculares y de posgrado, tanto a nivel nacional como internacional; formación de recursos humanos a través de pasantías, maestrías y doctorados; extensión y servicios.